Toidutalumatus ei ole allergia. Toidutalumatuse korral tekib aga kehas teistsugune reaktsioon kui allergia puhul. Tekitajad võivad olla sarnased, aga immuunrakud, mis tekitajale reageerivad, ja mehhanismid, kuidas reaktsioonid tekivad, on teistsugused kui allergia korral. Sellised allergiast erinevad reaktsioonid toidule on ka üpris levinud. Nii allergia kui ka toidutundlikkuse korral reageerib toidus olevatele ühenditele või lisaainetele meie immuunsüsteem – toimub immunoloogiline reaktsioon.
Toidutalumatusel on palju tahke. Näiteks võivad reaktsioone tekitada ka sellised bakterite toimel toiduvalkudest tekkivad ühendid, nagu histamiin, türamiin ja teised.
Ka sedasorti talumatuse korral seostavad inimesed sageli oma sümptomeid, näiteks peavalu, teatud toiduainete söömisega.